La Catedral se levanta frente al edificio de la Municipalidad. El primer templo que ocupó el lugar fue edificado en 1.555 y parcialmente pagada por la hija de Pizarro, Francisca, pero con la petición de que su padre fuera sepultado en ella. Y allí se encuentran descansando los restos de Francisco Pizarro (1.476-1.541), un hombre que nació como paria en un pueblo de Extremadura donde se dedicaba a cuidar ganado y llegó a convertirse en el mítico conquistador del Perú, algunas veces con engaños y traiciones (como la realizada a Atahualpa en Cajamarca) y otras con valentía imparable (naciendo los Trece de la Fama) y estrategia militar adquirida mientras estuvo en los Tercios Españoles en la campaña de Nápoles (ingresó en los Tercios a la edad de 20 años y se embarcó con una resolución imparable hacia América en 1.502).

La iglesia barroca de San Francisco, junto con su monasterio, fue uno de los pocos edificios que sobrevivió al terrible y devastador terremoto que asoló la ciudad en 1.746. Su imponente envergadura se finalizó en 1.674. En su interior se encuentran pinturas del célebre y admirado pintor español Francisco de Zurbarán.